一、宝石中的羟基、水分子
通过分析宝石中的水分子形式，有助于鉴别部分宝石是否为合成品。天然祖母绿与助熔剂合成祖母绿区别在于天然祖母绿含有水分子在3400―3800cm-1有一强吸收峰，助熔剂合成祖母绿是在高温熔融条件下结晶而成的，所以结构通道内一般不存在水分子；而水热法合成祖母绿是在水热条件下结晶生长而成的，在其结构通道中存在不等量的水分子和少量氯酸根离子，在红外4357、4052、3490、2995、2830、2745 cm-1处有吸收。
二、人工充填处理珠宝玉石的鉴别
在珠宝玉石中，广泛用到环氧树脂胶做充填物，红外光谱仪可以非常准确、快捷、无损分析到环氧树脂的存在。但现在我们要特别注意，近在检测样品中，发现了有人在尝试用其他物质，代替传统的环氧树脂，对翡翠进行充填处理。我们通过放大检测、常规仪器检测、红外吸收光谱分析，相结合得出以下一些特征；放大观察，从显微镜下观察样品的表面，粗糙不平滑，还是可以看到“酸蚀网纹”，影响其光泽较差。
在灯下透光观察，其结构松散，基底发白，绿色分布较浮，颜色分布无层次感，这是由于经过酸洗后对其结构、颜色的影响，这与一般传统的翡翠B货特征相同。
在紫外荧光灯下观察，长波无荧光，短波有中等强度的黄绿色荧光，一般翡翠A货通常无荧光，如含蜡质物可见长波有蓝白色荧光。
三、仿古玉的红外吸收光谱
一些仿古玉器在制作中，常采用强酸腐蚀或高温烘烤等方法进行做旧处理，经过上述处理后，玉器的表面会呈白渣化，或酸蚀残化，对其玉质的鉴别带来一定的难度。这时我们利用漫反射附件，对这些做旧处理的玉器进行鉴定。 红外光谱仪在珠宝玉石鉴定中的应用还有很多很多，并还在不断的开发中，对珠宝玉石的测试手段还在不断完善中，红外光谱的应用将会帮助我们解决珠宝玉石检测中的难点、疑点。
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