基质效应是一个不可避免的事实。其物理本质是激发（吸收）和散射引起的特征X射线强度的变化，基体成分中靠近被测元素的元素对激发源X射线和被测元素特征X射线产生光电效应的概率远高于轻元素（地质样品中一些常见的主要成岩元素），即，这些相邻元素对激发源发射的X射线和被测元素的特征X射线的吸收系数远高于轻元素的吸收系数；轻元素对激发源和被测元素辐射的特征X射线康普顿散射概率远高于轻元素。

为了叙述方便，假设样品中存在待测元素A，相邻元素B、C和轻元素。B元素的原子序数比A元素的原子序数大一些，B元素能被放射源放出的射线所激发产生B元素的特征X射线 BK,BKX射线又能激发A元素；C元素的原子序数小于待测元素A的原子序数，且能被A元素特征X射线所激发产生C元素特征X射线；轻元素的原子序数测距 A、B、C元素的原子序数较远，被激发的几率很小，可以忽略不计，那么对待测元素A特征X射线强度的影响有以下几个方面：

1) 放射源放出的射线激发待测元素A，产生特征X射线AK线称为光电效应。光谱仪价格。

2) AKX线在出射样品时遇到C元素激发了C元素特征X射线CK而A元素特征X射线强度减小了，称为吸收效应。

3) 放射源激发了B元素，BKX线又激发了A元素，使A元素特征X射线计数增加，称为增强效应，又称为二次荧光。

4) 放射源激发了元素C和元素B，使得激发元素A几率减小。

5) 放射源放出的射线与轻元素相互作用发生康普顿效应，可能发生一次康普顿效应也可能发生多次康普顿效应，发生康普顿效率之后射线能量损失一部分在出射样品路程中可能会激发元素A、B、C，也可能不发生作用，称为康普顿效应。

以上只是描绘了一个简单的图象，实际上X射线的吸收、增强、散射过程要复杂得多。若待测元素与标准的基体成份不一致，必然会使分析结果出现较大误差。这就是吸收效应、增强效应、散射效应影响，统称为基体效应。